La implementación de la gratuidad fue acompañada de una lógica de fijación de aranceles. Durante el 2017, los aranceles regulados no fueron suficientes para compensar los aranceles reales en 10 de las instituciones adscritas, incluso después de aplicar el suplemento del 20% extra en el aporte por gratuidad. De esta forma, estas instituciones se encuentran desfinanciadas si se compara con los recursos que habrían recibido en el caso de no adscribirse a la gratuidad.
Con datos oficiales, y aplicando la metodología para el cálculo del déficit 2016 realizado por el Ministerio de Educación, se estableció que la totalidad del valor de aranceles que el Estado no pudo compensar durante este año fue cercano a los $17.000 millones.
El estudio demuestra cómo la fijación de aranceles, como estrategia para determinar el aporte por gratuidad, necesariamente implica un perjuicio económico a las instituciones, el que se agrava mientras más alto es el arancel o mayor es el número de estudiantes vulnerables matriculados.